春秋战国著名侠士聂政，看到韩国君无道，民不聊生，在好友严仲子帮助下，刺杀韩王，却使奸臣韩傀逃命，为了不连累他人，聂政自杀身亡。严仲子冒死盗出聂政尸体厚葬，并将聂政留下一把缩骨剑及一本记载着神秘诱导基因的著作埋进蝴蝶迷谷。 时间移到1995年夏，武夷山生物夏令营少年科学家胭脂玉、调皮鼠在教师东方子英带领下采集生物标本时，意外发现灭绝三千年珍贵蝴蝶：金粉红蝴蝶，此蝶由神龟变化而来。胭脂玉在金粉红蝴蝶和神龟的诱导下，发现了二千年前聂政留下的书剑。同时在东方子英老师的启发和诱导下，他和伙伴顺风耳等发现了“思维黑箱”之迷，这对思维科学研究来说是一场大突破……